Rannsóknir sýna að mataræði og næringarástand barna hefur áhrif á heilsu þeirra, þroska, vöxt og alhliða líðan. Heilsuleikskólar kappkosta því að auka velferð barna með góðri næringu og hefur Heilsustefna Unnar Stefánsdóttur sett sér næringarstefnu sem unnin er af næringarfræðingi og lýðheilsufræðingi í takti við opinberar ráðleggingar um mataræði og næringarefni. Þar sem næringarefni koma úr mismunandi matvælum er fjölbreytni í fæðuvali í hávegum höfð í Heilsuleikskólum auk þess sem mikil áhersla er lögð á að elda allan mat frá grunni. Með fjölbreytni að leiðarljósi er passað upp á að ráðlögðum dagskammti (RDS) sé náð og stuðlar fjölbreytnin um leið að heilbrigðum matarvenjum barnanna til framtíðar.